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Laboratoire de Microbiologie du Froid UPRES 2123Directrice : Pr. Nicole Orange55 Rue Saint-Germain 27000 Evreux Tél +(33) (0)2 32 29 15 66 Fax +(33) (0)2-32-29-15-66 |
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OPÉRATION
DE RECHERCHE :
Biodiversité et Environnement
Responsable : Pr. F. Petit.
Autres membres de l'équipe: Quillet L. (MC), Berthe T. (MC), Oger C. (ATER),
Leloup J. (Doctorante), Touron A. (Doctorante)
Axes de recherche
L'axe fondamental du groupe est l'étude de la relation entre les métaux lourds et les communautés microbiennes, de la survie et de l'adaptabilité génétique de bactéries pathogènes (mésophiles et adaptées au froid) en milieu estuarien (eau sédiments).
Etude
du rôle des microorganismes sulfato-réducteurs sur la bio-disponibilité des
contaminants métalliques dans les sédiments anoxiques de l'estuaire. Dans cette
opération, la quantification moléculaire du gène dsr, qui code l'enzyme
bactérienne responsable de la formation de H
2S est réalisée à partir d'échantillons de sédiments de vasières.
Etude de la biodiversité du gène dsr.
Les
vasières de l'estuaire de Seine, fortement contaminée en métaux lourds,
constituent une niche écologique qui favorise le développement de bactéries
multiresistantes. Dans cette opération, nous réalisons une quantification
moléculaire du gène de résistance au cadmium cadA. Une analyse
phylogénétique des gènes cadA amplifiés à partir d'ADN extrait
d'échantillons de sédiments est également effectuée.
Dans
ce même contexte environnemental, nous étudions la survie, l'apparition d'un état viable non
cultivable, l'adaptabilité génétique ainsi que l'acquisition de
gène de résistances aux agents antimicrobiens.
Publications récentes majeures
Détection moléculaire des virus et bactéries présents dans les
eaux estuariennes de la Seine. F. Petit, I. Mendel, J. Garnier, A. Ficht
et C.Buffet-Janvresse. Bull. Soc. Fr. Microbiol. (1996) 11 (HS)
: 16-24
Detection
of adenovirus in the waters of the Seine estuary by nested-PCR. N.Castignolles, F. Petit , I. Mendel,
L.Simon, L.Cattolico and C. Buffet-Janvresse. Mol. Cell. Probe (1998)
12: 175-180.
Nucleic
acid extraction from polluted estuarine water for detection of viruses and
bacteria by PCR and RT-PCR analysis. F.
Petit, S. Craquelin, J.
Guespin-Michel and C. Buffet- Janvresse. Res. Microbiol. (1999) vol
,143-151.
Quantification
of nitrifying bacteria of the genus Nitrobacter in an aquatic system (Seine
estuary, France) T. Berthe, J. Garnier and F. Petit. C.R.
Acad. Sci. (1999) 322: 517-526.
Estimation
of the abundance of the cadmium resistance gene cadA in microbial communities
in polluted estuary water. C. Oger, T. Berthe, L. Quillet,
S. Barray , J.-F. Chiffoleau and F. Petit. Microbial Research
(2001) 152: 671-678.
Coquet L., Cosette P.,
Stella A., Quillet L ., Petit F., Junter G.-A. and Jouenne T.(2002)
Occurrence and phenotypic characterization of Yersinia ruckeri strains with
biofilm-forming capacity in a rainbow trout farm. Appl. Environ. Microbiol. (68:470-475).
Oger C., Mahillon J. , Petit F. (sous
presse) Distribution and diversity of a cadmium resistance (cadA)determinant and
occurrence of IS257 insertion sequences in staphylococcal bacteria isolated
from a contaminated estuary(Seine, France) FEMS
Microbiology Ecology - FEMSEC
Publications
des membres du groupe. Autres
thématiques
Cloning and sequencing of two genes,
prtA and prtB from Myxococcus xanthus, encoding PrtA and
Prt B proteases, both of which are required for the protease activity. Quillet,
L. , Ben Smail L., Barray, S., and Guespin-Michel, J.F.
Gene (1997) 198: 135-140.
Regulation of the expression of a
gene encoding b -endoglucanase secreted by Myxococcus
xanthus during growth: role of genes involved in developmental regulation. Ben
Smail L., Quillet L. , Petit F., Barray S., and Guespin-Michel
J.F. Res. Microbiol.(1998) 149: 319-326.
L’oxygène
: un témoin du fonctionnement microbiologique. Billen G. (coordinateur),
Garnier J., Servais P., Brion N., Ficht A., Even S., Berthe T., et M.
Poulain. 1999, Fascicule N°5 du programme scientifique Seine-Aval. Editions
IFREMER. Plouzané (France). 31 pages.
La
contamination bactérienne et virale. Servais P. (coordinateur), Castignolles
N., Petit F., George I., Buffet-Janvresse C., Ficht A. 1999, Fascicule
N°8 du programme scientifique Seine-Aval. Editions IFREMER. Plouzané (France).
39 pages.
Fer
et manganèse. Réactivités et recyclages. Boust D. (coordinateur), Fischer
J.-C., Ouddane B., Petit F. et Wartel M. 1999, Fascicule N°9 du
programme scientifique Seine-Aval. Editions IFREMER. Plouzané (France). 39
pages.
La
contamination métallique. Chiffoleau J.-F. (coordonnateur), Claisse D., Cossa
D., Ficht A., Gonzales J.-L., Guyot T., Michel P., Miramand P., Oger C. et F.
Petit. 2001, Fascicule N°8 du programme scientifique Seine-Aval. Editions
IFREMER. Plouzané (France). 39 pages
membres de l'équipe.
PETIT Fabienne
[Professeur)
Thème de recherche :
Étude de la biodiversité des
communautés microbiennes
QUILLET Laurent [Maître de Conférences]
Thème de recherche :
Etude des communautés microbiennes sulfurogènes sur le comportement
chimique de contaminants métalliques dans les sédiments anoxiques de l'estuaire
de Seine
BERTHE Thierry [Maître de Conférences]
Thème de recherche :
Présence de gènes de résistance aux métaux lourds chez les bactéries
pathogènes
OGER Cécile [ATER]
Thème de recherche :
Étude des bactéries portant le
gène cadA (resistantes au cadmium) en milieu estuarien.
LELOUP Julie [Doctorante, Bourse PUHNE - Programme
Seine-Aval]
Thème de recherche :
Étude de la biodiversité et
quantification moléculaire des communautés microbiennes sulfato-réductrices en
milieu estuarien.
TOURON Aurélie [Doctorante, Bourse régionale]
Thème de recherche :
Devenir des bactéries pathogènes en milieu estuarien .