Laboratoire de Microbiologie du Froid UPRES 2123 Directrice : Pr. Nicole Orange   55 Rue Saint-Germain 27000 Evreux Tél +(33) (0)2 32 29 15 66 Fax  +(33) (0)2-32-29-15-66

OPERATION DE RECHERCHE : GENEDIV.
Variabilité des gènes bactériens en fonction de l'environnement.
Responsable scientifique : Pr.S. Barray.

Axes de recherche

I- Recherche de marqueurs de psychrotrophie par phylogénie moléculaire : ( Opération de recherche 1 : Adaptation des bactéries au froid, collaboration avec le groupe ABISS, opération de recherche 2 ).
 Gène oprF (codant la porine majoritaire des bactéries du genre Pseudomonas)
  La construction d’arbres phylogénétiques réalisés à partir des séquences d’une quarantaine d’isolats issus d’un milieu « froid » (eau ou sol), de patients hospitalisés et de séquences de Pseudomonas fluorescens issues des banques d’ADN, révèle deux « clusters » regroupant les souches plutôt selon leur niche écologique  que selon leur gamme de température de croissance.
ADNr16S : mise en évidence du polymorphisme intraspécifique et interopéronique par SSCP chez des souches de Pseudomonas fluorescens de l’environnement .
Comparaison des phylogénies oprF et ADNr16S
II- Etude du fonctionnement biologique des sols : de la diversité microbienne à la diversité génétique
Cette étude, menée dans le cadre d'une démarche globale et multidisciplinaire (collaboration avec le laboratoire ECOVIV, Université de Rouen et l’ESITPA, Ecole Supérieure d’Ingénieurs et de Techniciens Agricoles) développée de l'échelle de la pédofaune et de la communauté végétale à l'échelle microbiologique a pour objectif d’appréhender l’ensemble des composantes biologiques impliquées dans les fonctions de stockage et de recyclage des éléments C, N, P au sein du compartiment sol.
    Rôle de la diversité biologique des zones connexes dans la régulation des cycles de nutriments (C, N et P) au sein de l’hydrosystème basse vallée de Seine. (programme Seine-Aval2, 2001, opération de recherche 3).
Nous avons développé dans le cadre de ce programme une étude de la diversité des communautés microbiologiques selon des méthodes de bactériologie classiques (isolement et identification bactérienne) et moléculaires (A.R.D.R.A : Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis) ; cette approche doit contribuer à la définition d’un groupe de paramètres comme indicateurs de la qualité d’un sol.

    Restauration de fonctions et propriétés des sols de culture intensive. Effets de systèmes de culture alternatifs sur les matières organiques et la structure des sols limoneux, et approche du rôle fonctionnel de la diversité biologique des sols  (programme D-MOSTRA 2001-2004).
Une démarche analogue est actuellement développée en collaboration avec des équipes de l’INRA de Versailles sur des parcelles agricoles d’historique connue pour évaluer 4 systèmes de culture différents en référence au système productif actuel. L’objectif est l'élaboration d'un index de diversité microbiologique et biologique des sols. Les données acquises seront analysées de façon multidisciplinaire dans le sens d’une extrapolation temporelle, par une démarche de modélisation, et dans le sens d’une recherche d’indicateurs de durabilité des systèmes agricoles.

 
Publications récentes majeures

Bensmail, L., Monnier,C., Quillet,L. Guespin-Michel,J., Barray,S. (2001): A novel gene from myxococcus xanthus  that facilitates membrane translocation of an extracellular endoglucanase in Escherichia coli ?
Res.Microbiol.152:487-492.

Oger,C.,Berthe,T., Quillet,L.,Barray,S.,Chiffoleau,J.F., Petit,F. (2001): Esrtimation of abundance of the cadmium resistance gene cadA in microbiol communities in polluted estuary water. Res.Microbiol. 152 : 671-678

Communications :
K. Laval et  S. Barray. Différentes approches pour l’étude de la communauté bactérienne des sols en fonction des modes d’occupation.
Colloque : « Fonctions de la Biodiversité Microbienne : comprendre pour gérer »
Aussois, 2-5 mai 2000.

A. Merieau, J. Guérillon, S. Barray, R. Calbrix, S. Abdelmoula, L. Picot, M. Feuilloley, and N. Orange.
Adaptation of a psychrotrophic Pseudomonas fluorescens strain at a growth temperature of 37°C : characterization of modifications in outer membrane proteins.
Euroconference : «  Microorganismes responsables des infections nosocomiales »,  Institut Pasteur, Paris, 15-18 novembre 2000.

S. Barray, J. Bodilis, R. Calbrix, J. Guérillon, A. Merieau, N. Orange. Adaptation of different psychrotrophic Pseudomonas fluorescens (or related) strains at various environmental conditions.
I. S. M. E,  Amsterdam, 26-30 août 2001.

A. Merieau, S. Barray , J. Guérillon, J. Bodilis, R. Calbrix, N. Orange.
Adaptation of different psychrotrophic Pseudomonas fluorescens ( or related)  strains at 37°C.
Pseudomonas 2001, Bruxelles, 17-21 sept 2001.

Bodilis J, Pawlak B, Barray S.
Etude de la variabilité intra-spécifique et inter-opéronique de l’ADNr 16S chez des souches de Pseudomonas fluorescens en fonction de l’environnement. Colloque « Adaptation, variabilité, diversité »
Aussois, 24-26 sept 2001.

Membres de l'équipe .

             BARRAY Sylvie [Professeur)

           Thème de recherche :
                        Variabilité des gènes bactériens en fonction de l'environnement (détection moléculaire
          des gènes, phylogénie, exploitation informatique et statistique des séquences au sein du groupe
                         ABISS).

               PAWLAK Barbara[ Maître de Conférences]

                   Thème de recherche :
            Diversité microbiologique des sols (bactéries cultivables et non cultivables, empreintes
                         génétiques).

              BODILIS Jocelin   [doctorant]

                       Thème de recherche :
 

                  Bourtois Maxime (stagiaire)

                            

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