Cadrage du stage

Le projet confié à l'étudiant(e)-apprenti(e) doit être celui d'un ingénieur bioinformaticien, à l'interface des sciences du vivant, de l'informatique et des mathématiques. La mission professionnelle doit les conduire à utiliser, à concevoir et à développer des outils, des méthodes, des modèles informatiques et mathématiques destinés à la gestion des expériences et des données, à l'analyse des données ou à la modélisation des systèmes biologiques. Le projet comprendre idéalement un travail de bioanalyse  *. Pour tous, le projet exclut un travail de paillasse.
Selon le principe de l'alternance et de l'apprentissage, le projet proposé doit être conçu de façon progressive en plusieurs phases, avec une difficulté et une autonomie croissante. L'encadrement : Les compétences en informatique, bioinformatique et statistiques nécessaires au développement du projet doivent exister préalablement dans la structure d'accueil ou au travers de ses proches collaborations. Les tâches d’administration système ne relèvent pas ou peu a priori des attributions de l’étudiant, elles devront rester exceptionnelles.
* En informatique : Algorithmique, programmation impérative et objet, modélisation des systèmes d'information, bases de données, programmation client/serveur sur Internet, développement logiciel, technologies de grille de calcul...; en statistiques : modèles, analyse et fouille de données (R, Bioconductor), modèles mathématiques en biologie systémique... Analyses bioinformatiques : annotations, génomique comparative, analyses en transcriptomique, protéomique, métabolomique, modélisation moléculaire...

Les étudiants prennent en charge les démarches pour l'obtention de cette mission soit avant la sélection, soit après dans la limite de la date fixée chaque année. La majorité des missions est arrangée par l'équipe pédagogique grâce à son réseau de partenaires locaux ou nationaux. Une liste de propositions est fournie aux étudiants retenus. Mais nous soutenons également toutes les démarches personnelles pour trouver sa propre mission en fonction des souhaits scientifiques ou géographiques des étudiants. La structure d'accueil peut être de type privé ou public, au sein de l'Université de Rouen, de la région Haute Normandie ou partout ailleurs en France, notamment au sein du Réseau National des Génopoles françaises, Cancéropoles, plate-formes technologiques...Les missions en pays frontaliers sont également possibles.

La proposition de mission est transmise au responsable de la spécialité sous la forme d'une fiche résumée du projet dans un premier temps. Elle est évaluée par les trois co-responsables. Dans un second temps un "descriptif de la mission professionnelle" plus complet est demandé. Un contrat d'apprentissage est établi couvrant la période des semestre 3 + semestre 4 soit  les 2 années de formation de master 2.

L'étudiant-apprenti est suivi pendant sa mission professionnelle par un enseignant-chercheur de l'équipe pédagogique (tuteur universitaire). Le suivi régulier à l'Université de Rouen à chaque regroupement vise à évaluer les conditions et la progression du travail et si possible une visite par an dans l'entreprise ou un contact téléphonique. Le tuteur universitaire est aussi le rapporteur lors de l'évaluation, en fonction du sujet un deuxième rapporteur peut être sollicité en semestre 3. En semestre 4, le doublet de co-rapporteurs est obligatoire.

Evaluation de la mission

1. Un premier exposé en début de formation (février) permet une première prise de parole sur le projet/le poste confié. Sa préparation aura permis de clarifier, préciser avec le maître d'apprentissage la mission et les échéances. Il permet à tous les étudiants de confronter leur différente mission. Pour les tuteurs universitaires, c’est l’occasion éventuellement de déceler des écueils, formuler des conseils. Cet exposé ne fait pas l'objet d'une évaluation.

2. L'évaluation de la mission professionnelle se fait conjointement par le cadre de l'entreprise ou maître d’apprentissage et le tuteur universitaire de l'étudiant. La mission professionnelle complète représente 22 ECTS sur les 60 ECTS des semestre 3 + semestre 4, elle est exclue de la compensation. En "semestre 3", la mission allant de septembre à septembre, fait l'objet d'un rapport, d'une soutenance et d'une évaluation par le maître d'apprentissgae selon une grille pré-établie de critères. En "semestre 4", la mission allant de septembre à juin (juillet), fait l'objet d'un rapport en juin, d'une soutenance et d'une évaluation par le maître d'apprentissage selon une grille pré-établie de critères.