Conférences introductives

• Les programmes Génomes ,  Jacques Haïech.  Institut Gilbert Laustriat, IFR 2059 CNRS, Université de Strasbourg I Représentant du Ministère de l'Education Nationale de la Recherche et de la Technologie pour le programme Génomique. Octobre 1999.

• La bioinformatique aujourd'hui , Alain Hénaut.  Laboratoire Génome et Informatique, Génopôle d'Evry. Octobre 2000.

• La bioinformatique aujourd'hui et ses métiers, Christian Gautier. Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, UMR CNRS Lyon Membre du comité d'organisation de l'action IMPG" Informatique Mathématique Physique pour la Génomique. Octobre 2001

• La bioinformatique aujourd'hui ,  Bernard Prum Laboratoire "Statistique et Génome" -UMR CNRS 8071-La Génopôle Evry, Octobre 2002

• La bioinformatique aujourd'hui ...et demain , Guy Perrière  Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, UMR CNRS Lyon, Octobre 2003

Analyse de séquences- Annotation de génomes

• Conf- Annotation du génome d'Arabidopsis Thaliana , Pierre Rouzé . Laboratoire Associé de l'INRA , Department of Plant, GENT, Belgium.  Novembre 1999

• Cours/TD - Usage des codons dans les génomes, Hélène Chiapello  INRA - Unite Mathematique, Informatique & Genome, Versailles. Novembre 1999

• Conf-Etirer l'ADN : méthodes et applications à la génomique, Aaron Bensimon. Institut Pasteur, Paris. Janvier 2000

• Conf- Structure et dynamique des génomes, Pierre Netter. Institut Jacques Monod, Paris. Janvier 2000 et Février 2001

• Cours/TD -Définition d'amorces de PCR en génomique, Vincent Thareau Laboratoire Associé de l'INRA , Department of Plant, GENT, Belgium.Novembre 2000 et 2001

• Cours/TD -Définition d'amorces de PCR en génomique, Vincent Thareau URGV, Evry, Novembre 2002, CNRS
  Institut de Biotechnologie des Plantes- CNRS, Universite Paris-Sud Orsay janvier 2004, novembre 2005

• CGM Gif sur Yvette,  janvier 2003 -2004  

Génomique fonctionnelle

• Conf- Functional Genomics using DATAS "Differential Analysis of Transcripts with Alternative Splicing": From Differential Display to Gene Identification, David Heard. Exonhit Therapeutics , Paris.  Novembre 1999  

• Conf- L'analyse de l'expression différentielle des gènes par PCR en temps réel, Emmanuel Martin. Perkin Elmer , Courtaboeuf. Décembre 1999

• Laboratoire de Génétique MoléculaireCNRS UMR 8541,ENS, Paris. Décembre 1999.

• Conf-Identification des cartes d'interactions protéine-protéine , Fabien Petel. Hybrigenics, Paris. Décembre 1999

• Conf- Génome-transcriptome-Protéome chez Bacillus Subtilis, Ivan Moszer. Institut Pasteur, Paris. Janvier 2000

• Cours/TD - Analyse des données des puces à ADN, Philippe Marc Laboratoire de Génétique MoléculaireCNRS UMR 8541,ENS, Paris. Février 2001 et Février 2002.

• Conf-Protéomique végétale. Marqueurs PQL, Michel Zivy Station de Génétique Végétale, Ferme du Moulon, Gif-sur-Yvette, Avril 2001

• Conf-Analyse du transcriptome et du protéome de la levure au cours de la transition diauxique, Francis Sagliocco IBGC-CNRS, Bordeaux , Avril 2001

• Cours/TD analyse statistiques des données du transcriptome, Stéphane ROBIN INA-PG (dépt OMIP) / INRA (dépt BIA)
  mars 2003-2004- décembre 2005

• Cours/TD analyse statistiques des données du transcriptome, Gilles Caraux  Analyse des systèmes et biométrie, Agro Montpellier,mars 2003-2004- décembre 2006, novembre 2007

• Conf - Puces à ADN et épissage alternatif, Pascale Fehlbaum  Exonhit Therapeutics, Paris.  février 2003

• Cours/TD Analyse du transcriptome gestion des expériences, Véronique Brunaud, URGV

• Cours/TD Analyse du transcriptome, Sandrine Balzergue, URGV, Evry, novembre 2005, 2006

• Cours/TD   Analyse du transcriptome,  ML Martin Magniette URGV, Evry, novembre 2005, 2006, octobre 2007

Comparaison 

• Cours/TD Eric Coissac Institut Jacques Monod, Paris. Février 2000, Mars 2001, Avril 2002, mars 2003

• Cours/TD Joël Pothier ABI, Paris 6. Février 2000, Mars 2001, Avril 2002 , mars 2003

Alignement multiple

• Cours/TD Ballast et DBClustal, Olivier Poch Laboratoire de Biologie et de Génomique Structurales, Institut de Génétique et Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Illkirch. mai 2000,  septembre 2001 , octobre 2002, octobre 2003 

Cartographie

• Cours/TD Cartographie physique (statistiques), Sophie Schbath INRA - Unite MIG Mathematique, Informatique & Genome, Versailles . Décembre 2000 à  2006

• Conf- Marqueurs QTL et PQL en génétique quantitative et Applications à la Sélection Assistée par Marqueurs, Agnes Léonardi Station de Génétique Végétale, Ferme du Moulon, Gif-sur-Yvette, Mai 2001

• Conf-Cartographie par hybrides d'irradiation, carte du génome du chien, Catherine André et Christophe Hitte. UMR 6061 CNRS "Génétique et Dévelopement

• Cours/TP : cartographie comparée, Thomas Derrien, UMR 6061 CNRS "Génétique et Dévelopement", Rennes . Sept. 2006, mai 2007

• Cours et TP Cartographie génétique, Régine Delourme, INRA Amélioration des Plantes. et Biotechnologies Végétales Rennes, nov-2006

Modélisation moléculaire et  drug design

• Conf/TD Prédiction de structures secondaires , Gilbert Deleage, Christophe Geourgon Pôle BioInformatique Lyonnais, Institut de Biologie et Chimie des Proteines PBIL . Janvier 2001 à 2005

• Conf/TD Prédiction de structures secondaires par la méthode HCA , Jean Paul Mornon et Isabelle Callebaut Systèmes moléculaires & Biologie structurale, Laboratoire de Minéralogie Cristallographie,CNRS UMR 7590, Universités Paris 6 et Paris 7. Février 2001 à 2007

• Conf/TD SUMO et drug design, Emmanuel Bettler Pôle BioInformatique Lyonnais, Institut de Biologie et Chimie des Proteines PBIL .2006, 2007

• Cours "du gène au médicament: découverte et validation de nouvelles cibles thérapeutique" Sakina Jeanne, Genfit, Lille, avril 2007

• Conf " drug design et screening in silico", Franck PiedVache et Olivier Gignozac Sanofi-Aventis, avril 2007

Génétique médicale et bioinformatique

•   conf- Marqueurs SNP et génotypage, Hadi Abdherahim,  Genset -Centre de recherche de génomique, Evry. Mars 2001

• Charles Decraene et Emmanuel Barillot : Puces à ADN en oncologie moléculaire : SNP-array et CGH-array, Institut Curie, avril 2007

Phylogénie

• Cours/TD Phylogénie-Méthode de parcimonie, Guillaume Lecointre Laboratoire d'Ichtyologie générale et appliquée et Service de Systématique moléculaire (IFR CNRS 1541) Muséum National d'Histoire Naturelle, Paris. Mai 2001, Mai 2005

• Cours/TD Phylogénie-Méthode de vraisemblance, Pierre Darlu INSERM U155 , Génétique épidémiologique , Paris  VII  mai 2002

• Cours/TD Phylogénie , Philippe LOPEZ Equipe 'Phylogenie, Bioinformatique et Genome',UMR CNRS 7622, Universite Paris VI , mai 2002 à 2005

• TP Phylogénie,  Guy Perrière  Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, UMR CNRS Lyon, Avril 2005, septembre 2006

Voies métaboliques et réseaux

•  Cours /Conf/TP Intéractomique  Ionnis Xenarios, Serono, Genève, avril 2006

•  Cours /TP Banques de données métaboliques, modélisation de réseaux métaboliques, Ludovic Cottret mai 2006 Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, UMR CNRS Lyon, mai 2007, avril 2008

Ontologies

• Cours Ontologies et fouille de textes Claire Nedellec, Philippe Bessières INRA Jouy, Avril 2007, avril 2008

Informatique

• Conf- Bases de données : MICADO, Hélène Chiapello Unite Mathematique, Informatique & Genome, INRA Versailles, 2001

• Conf/TD Sécurité des réseaux informatiques, Alain Bidaud CRIHAN, Rouen, mai 2002, octobre 2003, juin 2005

• Cours/TD Modélisation Merise et UML, Gilles Lassale, INRA Amélioration des Plantes. et Biotechnologies Végétales Rennes , 2005-2006-2007

Création d'activités innovantes en bioinformatique, avril 2007

• André Blavier, PDG Interactive BioSoftware, incubateur Acceval, Rouen

• Patrice Garnier, PDG Genostar, Grenoble

• Fabien Rouet, Dir. Bioinformatique Exonhit Therapeutics, Paris

• Philippe Gangneux, directeur incubateur Acceval

• Alexandre Bastit, chargé d'affaires incubateur Acceval

• Raphaël Krummeich, resp. Service ValO de l'Université de Rouen

• Philippe Boistel, Institut d'Administration des Entreprises, Université de Rouen, co-responsable du diplome DU D'ICI ( découvrir & Inventer, Créer, Innover)