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Exemples
de missions en alternance en M2
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L'Alternance
et l'Apprentissage partout en France
 En Région Haute-Normandie : au sein des laboratoires des universités du
Pôle Universitaire Normand, des entreprises de
biotechnologies et de bioinformatique.
En Région
Ile de France : Paris, Evry, Paris Sud au sein
des laboratoires d'Instituts, d'universités et d'entreprises des génopôles.
Ailleurs au sein des laboratoires des
universités, d'entreprises de biotechnologies et
bioinformatique des
génopôles en Région.
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remarque : près de 140 missions
ont été réalisées , il s'agit ici d'un
échantillon. Le classement des missions professionnelles
rapportées ici peut apparaitre arbitraire car les projets
comportent le plus souvent des approches combinées de gestion
des données, d'analyse et modélisations,
d'interfaçage.
La gestion des données
- Gestion informatique de projets de séquençage massifs (automatisation, Perl, shell)
- Standardisation des méthodes
d’alimentation d’une base de données de
protéomique végétale. (PostgreSQL, PHP, Perl, XML).
- Base de Données pour la gestion d' expériences de transcriptomes bactériens (JAVA, R).
- Développement d'un format
d'échange entre bases de données et outils d'analyse de
données d'expression (XML, Java, SQL)
- Base de données et outils
bioinformatiques pour l’analyse des données de
cartographie par hybride d'irradiation du génome canin.
- Gestion et mise en
place d’outils d’analyse de données de
génotypage et de cartographie génétique chez
le colza .
- Mise en place d'une base de données de
suivi des puces à ADN de leur production à l'analyse des
résultats
- Base de données pour le
développement de nouveaux médicaments
dérivés d’insectes et bioanalyse de données
génomiques
- Base de données pour le
développement de nouveaux antibiotiques issues d'analyse
métagénomique chez les bactéries.
L'analyse et la modélisation des données
 Développements d’infrastructure logicielle générique
- Génomique et analyse de séquences biologiques
- Conception et développement d'un
outil automatique de recherche de liens contig pour la finition
des assemblages en Whole Genome Shotgun. (algorithmique, C)
- Conception et développement d'une
plateforme logicielle d’étude des
répétitions génomiques - adaptation à une
grille de calculs ( algorithmes de détection des
répétitions et de classification des
répétitions, R,PERL, C, parallélisation MPI).
- Développements bioinformatiques pour la prédiction de gènes et l’annotation de génomes.
- Intégration de nouveaux algorithmes et de données pour
améliorer la qualité et la fiabilité de l’alignement multiple de
séquences protéiques.( alignement progressif,
itératifs, ancres, programmation dynamique, matrice de
distance, arbre de décision, C, PERL).
- Normalisation des puces SNP ( biais spaciaux localisés, rapport bruit signal, développement de package R)
- Développement d' une
bibliothèque R dédiée à la gestion et
l’analyse des séquences biologiques ( R, SeqinR)
- Développement d'un langage de
programmation graphique et prototypage d'un outil d'aide à
la création de scénarii bioinformatiques
(chaînage d'outils, C++) .
- Développement d'une application pour l'annotation par la Gene Ontology en génomique végétale.
- Transcriptomique
- Intégration
d’outils d’analyse de données issues des
technologies à haut débit sur lame de
verre (modélisation objet, UML, Design Patterns, JAVA, XML,
R, bioconductor).
- Classification supervisée et
sélection de gènes appliquée à des
données issues de cancer (R, bioconductor).
- Développement d'un outil automatique
de dessin d'amorces PCR pour la conception de micro-array
pan-génomique.
- Intégration des données de
transcriptomique pour la prédiction d’opérons
– Optimisation de BASE ( MySQL, PHP, JAVA, PERL, R )
- Développement d’un
système d’information dédié à
l’analyse protéomique (LIMS, électrophorèse bidimensionnelle, spectrométrie de masse).
- Bioinformatique pour plateforme
protéomique ; Automatisation
d' analyses des spectres SM/SM -développement d'un nouveau
logiciel d'analyse de protéines membranaires selon un
Modèle markovien)
Développements de logiciels et d'applications plus spécifiques
- Génétique médicale- Génomique humaine
- Recherche de combinaisons de loci de prédisposition à une maladie multifactorielle ( développement
algorithmique, simulations, validation statistique, contrôle
qualité, PERL, C C-shell, PHP, R, MySQL.)
- Analyses statistiques des points de cassure de l'ADN dans la cellule cancéreuse obtenus par CGH – array ( R).
- Développement d'une base de données pour la visualisation et le traitement des
informations transcriptomiques et cliniques en cancérologie.
- Clonage in silico des promoteurs des canaux
ioniques cardiaques et prédiction de la régulation
transcriptionnelle (prédiction de site de départ de transcription, sites de fixation
de facteurs de transcription, comparaison de séquences, MySQL, PERL, R).
- Analyse bioinformatique des motifs des régions cis-régulatrices de
gènes humains à expression hépatique -corrélation aux données du
transcriptome.
- Conception et dévelopement d'une base de données de récepteurs nucléaires humains.
- Autour des EST
- Construction d’outils informatiques
pour la détection de gènes et l’annotation de
génomes de vertébrés par les EST ( assemblage,
comparaison de séquences, gestion de données, conception
de bases de données)
- Traitement et maintenance de données
issues de l’analyse différentielle du transcriptome de
bivalves d’intérêt en Ecotoxicologie (comparaison de
séquences PERL, CGI, base de données).
- Génomique végétale
- Détection et caractérisation de gènes non codants dans le génome
d’Arabidopsis thaliana (Structure
secondaire des ARN, Analyses multi-échelle, R)
- Caractérisation
et annotation de petits ARN dans le génome d’Arabidopsis
thaliana (ARNi, alignements de fragments chromosomiques, analyses de
miARN,
critères de prédiction de cibles, PostgreSQL,
C-shell, awk,
Python, R).
- Recherche in
silico de motifs impliqués dans le contrôle de
l'expression des gènes d'A. thaliana (promoteur, R).
- Enrichissement
d'une bases de données d' Arabidopsis thaliana
par assignation des signatures protéiques Pfam .
- Analyse de la variabilité naturelle d'Arabidopsis thaliana par recherche de SNP dans les écotypes.
- Génomique animale
- Caractérisation et Analyse
Phylogénétique de superfamilles de gènes issues
des génomes d’insectes (algorithmique, C,
phylogénétique).
- Développement d'une base de données animales dédiée à la tracabilité alimentaire.
- Modélisation moléculaire
- Relations séquence – structure
– fonction des Récepteurs Couplés aux
Protéines G - Interfaçage d’une base de
données.
- Modélisation de processus cellulaire
- Modélisation
informatique de la régulation de l’épissage
alternatif du transcrit primaire du virus HIV-1 (implantation de
modèles-interfaçage-simulation-analyse )
- Modélisation d'une différenciation cellulaire in vitro ( Système MultiAgent)
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