La technique de Southern blot est une méthode de biologie moléculaire. La méthode a été baptisée du nom de son inventeur, le biologiste britannique Edwin Southern. C'est une étape essentielle dans l'obtention des empreintes génétiques. Elle intervient après l'électrophorèse.
1. Le gel d'électrophorèse est trempé dans une solution alcaline afin de permettre la dénaturation de l'ADN (séparation de l'ADN double-brin en simple-brin).
2. Une feuille de membrane de nitrocellulose (ou de nylon) est placée sur le gel. Une pression est appliquée au gel en plaçant une pile de serviettes de papier et par un poids sur la membrane et le gel, par exemple. Ceci va permettre le déplacement de l'ADN contenu dans le gel sur la membrane, où il va se fixer.
3. La membrane est alors chauffée, dans le cas de nitrocellulose, ou exposée au rayonnement ultra-violet pour le cas du nylon, afin de fixer de manière permanente l'ADN sur la membrane.
4. La membrane est ensuite mise en contact avec une sonde spécifique de la séquence d'ADN recherchée. La sonde est marquée de sorte qu'elle puisse être détectée, habituellement en incorporant de la radioactivité ou en "étiquetant" la molécule avec un fluorophore. Dans certains cas, la sonde peut être faite à partir d'ARN, plutôt que d'ADN.
5. Après hybridation, la sonde en excès est éliminée de la membrane par différents lavages, et l'hybridation est visualisée sur un film autoradiographique, dans le cas d'une sonde radioactive, ou fluorescente.