Taxe d'apprentissage : contrôle de l'utilisation des subventions perçues
Comme pour l'habilitation, ce sont les Commissions Spécialisées de la Taxe d'Apprentissage des Comités Départementaux de la Formation Professionnelle, de la promotion sociale et de l'emploi qui vérifient le bien fondé des dépenses faites. Dans le Département de la Seine-Maritime et pour les établissements relevant de la tutelle du ministère de l'éducation nationale, ce contrôle a été délégué aux inspections académiques.
La règle de l'annualité est également contrôlée : les dépenses relatives à la taxe d'apprentissage doivent s'inscrire dans le cadre de l'année de collecte. Les versements doivent être faits avant le 28 Février pour être rattachés à l'année considérée. Toute dérogation doit faire l'objet d'une demande à la commission sur la base d'un programme de dépenses.